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Tras 60 años, descubren cuatro nuevas reglas de la «gramática» del ADN

Estructura de doble hélice del ADN

Después de 60 años de conocerse las dos reglas de Chargaff, hoy en día, Michel Yamagishi en el Laboratorio de Bioinformática aplicada en Brasil y Herai Roberto de la Unicamp, en Sao Paulo, dicen que haber descubierto nuevos modelos que amplían significativamente la gramática de ADN.

Un poco de historia:

Las dos reglas de Chargaff y Col establecen que:

  1.  La cantidad de Adenina (A) es igual a la cantidad de Timina (T).
  2.  La cantidad de Citosina (C) es igual a la cantidad de Guanina (G).

Eso implica que  el número de bases purinas (A+G) es igual al número total de bases pirimidinas (C+T), sin embargo, existen diferencias en lo que respecta a la relación AT/CG.

Las reglas de Chargaff y Col son aplicables a la molécula de ADN y no al ARN, porque el ARN está formado por una hélice simple de nucleótidos y por no poseer Timina, en su lugar posee Uracilo.

En bacterias, virus, metafitas y metazoos inferiores hay un predominio de CG sobre AT, en cambio, en las metafitas y metazoos superiores existe lo contrario más cantidad de AT sobre CG.

Reglas de Chargaff son importantes porque apuntan a una especie de «gramática de la biología», un conjunto de reglas ocultas que gobiernan la estructura del ADN. Esta gramática debe revelarse como los patrones de ADN que son invariantes en todas las especies.

Descubrimiento de la estructura de doble hélice del ADN:
Las reglas de Chargaff fueron una pista muy decisiva para que Watson y Crick propusieran su modelo de doble hélice para el ADN que les valió el premio Nobel en 1962. Seguramente ayudó también la foto 51 de difracción de rayos X de una hebra de ADN.

La historia de esta foto es curiosa, ya que la científica Maurice Wilkins la tomó prestada sin permiso de su compañero de trabajo, Rosalind Franklin, y la hizo llegar a Watson y a Crick.

El trabajo de Maurice Wilkins como el de Rosalin Franklin, era el de la física de estructuras moleculares, especializados en difracción de rayos X.

Wilkins, Watson y Crick recibieron el Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1962, Franklin no lo recibió porque falleció en 1958.

Las nuevas reglas descubiertas:
El método desarrollado por Michel Yamagishi y Herai Roberto de Brasil, es sencillo, utilizan la teoría de conjuntos para mostrar que las normas existentes de Chargaff implican la existencia de otros patrones, de orden superior.

He aquí cómo. Una manera de localizar patrones en el ADN consiste en dividir una secuencia de ADN en palabras de longitud k determinada. Las Reglas de Chargaff se aplican a las palabras de donde k = 1, es decir, a los nucleótidos individuales (palabras de una sola letra).

Con k = 2 tendríamos palabras del tipo; AA, AC, AG, AT, CA, CC, etc.

Con k = 3 tendríamos palabras del tipo; AAA, AAC, AAG, AAT, ACA, ACC, etc.

Basándose en la teoría de conjuntos han buscado patrones de tipo fractal en bases de datos con enormes números de secuencias de ADN de 32 especies llegando a encontrar 4 nuevas reglas.

Dicen que los cuatro patrones encontrados, se muestran con gran precisión en 30 de estas especies, incluyendo seres humanos, E. coli, y la planta Arabidopsis.

No se ajustan a estas reglas, únicamente el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y Xylella fastidiosa 9a5c, un insecto que ataca a los melocotones. ¿Se imaginan que el insecto estuviera mal secuenciado, o que tenga alguna característica genética muy especial?

Afirman que: «Estas nuevas normas demuestran por primera vez que las frecuencias de oligonucleótidos tienen propiedades invariables a través de un gran número de genomas».

Una primera aplicación de este hallazgo podría ser su aplicación para acelerar la secuenciación de genomas y la detección de errores experimentales en la secuenciación.

La referencia del artículo de este descubrimiento es esta en: Chargaff’s «Grammar of Biology»: New Fractal-like Rules

La ética en la ingeniería genética

Estructura de doble élice del ADN

Estructura de doble élice del ADN

El Genoma humano.
El proyecto genoma humano (PGH) es aquel que tiene como objetivo el conocimiento
del conjunto de genes contenido en nuestro ADN. Lo que a nivel general parece un enorme avance aplicado a los análisis individuales de una persona suscita ciertos problemas éticos que ya han tenido un tratamiento a nivel internacional. En 1989 la Resolución del Parlamento Europeo sostuvo que los resultados de los análisis genéticos solo se comunicarán a los interesados si ellos así lo desean así como a la privacidad de esos datos. En 1997, la UNESCO sancionó la «Declaración Universal sobre el Genoma Humano y los Derechos Humanos» reconociendo que deberá respetarse el consentimiento informado, así como la libertad de decisión respecto a la no-información (art. 5) y la protección de la confidencialidad (art. 7).

Clonación y uso de células madre,
La clonación consiste en la obtención de un individuo genéticamente idéntico al progenitor clonado. El uso de células madre embrionarias tiene muchísimas aplicaciones en medicina. Las técnicas de clonación actuales y las de obtención de células madre han venido usando embriones como material de partida. El sacrificio de embriones humanos o su uso en experimentos médicos es intolerable para la Iglesia. Ello ha conducido a varias líneas de investigación científica que intentan evitar el uso de embriones, y el resultado es que ya hay algunas técnicas para la obtención de células madre que no necesitan usar embriones.

Plantas transgénicas y animales transgénicos.
La mejora tradicional de plantas y animales se viene haciendo desde que el hombre se inició en las técnicas agrícolas y ganaderas. Se trata de seleccionar a los padres con las características más deseables y cruzarlos para obtener la descendencia deseada. Por lo tanto, es una técnica que es muy anterior a la aparición de la ciencia genética. Una vez que la ciencia localizó los genes en el ADN surgió la posibilidad de la manipulación directa del material genético y así surgió la rama de la ingeniería genética que posibilita no solo la eliminación de genes, sino sacar un gen de una especie para insertarlo en una especie que puede ser totalmente distinta.

Mosca de la fruta (Drosophila melanogaster) con el gen GFP

Mosca de la fruta (Drosophila melanogaster) con el gen GFP

El gen GFP

Osamu Shimomura, en los inicios de la década de 1960, fue la primera persona en aislar a partir de la medusa Aequorea victoria una proteína verde fluorescente conocida como GFP (Green Fluorescence Protein). La introducción de este gen en un cerdo, permite obtener un cerdo con una fluorescencia verdosa. Ya se ha conseguido por este procedimiento dotar de fluorescencia verdosa a cerdos, moscas, anfibios, ratones, peces, plantas, y un largo etc. de organismos. Podemos ver algunos ejemplos en este artículo sobre el  Premio Nobel para las medusas (octubre de 2008)

El gen GFP ya se ha usado mucho porque al ser fácil de detectar se viene usando como marcador. Es decir, como acompañante y vecino en la secuencia de ADN de otro gen que sería el que deseamos estudiar.

Su uso se ha extendido tanto que incluso hay una variedad comercial de peces de acuario transgénicos con esta característica. Sin duda una forma bastante frívola de usar una poderosa tecnología. Como aficionado a la acuariofilia, manifiesto mi rechazo a esta forma de practicar una afición que debería acercarnos a la naturaleza en lugar de alejarnos de ella. Peces Transgénicos

La conflictividad en el uso de las técnicas transgénicas.

En principio, sería posible transferir una enorme variedad de genes entre especies, y como aplicación práctica tenemos los polémicos alimentos transgénicos, que son aquellos alimentos obtenidos a partir de de un organismo al cual le han incorporado genes de otro organismo distinto para producir una nueva característica deseada. Generalmente se busca la productividad de las cosechas y su resistencia a las plagas y a las enfermedades. En la actualidad se usan bastantes variedades transgénicas en plantas como el maíz,la cebada o la soja. El problema es que no existe un protocolo sobre unas técnicas muy novedosas y que pueden tener inconvenientes aún mal conocidos. El caso es que su uso en algunos países como EE.UU. Argentina, Canadá y China está extendidísimo, y la queja principal de los consumidores es  la absoluta falta de control y de protocolos que regulen esta actividad. Esto conduce a una situación de desinformación de los mismos que ni si quieran tienen la opción de comprobar, mirando en la etiqueta de los alimentos que compran, y saber si están consumiendo productos transgénicos o no. Hay gente mal informada que cree que los genes modificados en un alimento transgénico se pueden incorporar a los genes humanos. Hay que decirlo con rotundidad, esto no funciona así.

Tener buena información sobre un tema complicado no es fácil, y lo cierto es que nadie da información. La palabra transgénico se está convirtiendo en un tabú, pero eso no nos libra de que la estemos consumiendo sin saberlo.

No considero que ninguna rama de la ciencia pueda ser calificada de poco ética. Tampoco creo que ningún conocimiento pueda ser calificado como tal. La ética se podrá aplicar en todo caso al tipo de uso que se haga de tales conocimientos, pero no a los conocimientos en sí. Pese al enorme respeto que nos pueda provocar unas técnicas potencialmente peligrosas y que parecen desafiar la historia natural abriendo un camino nuevo totalmente inexplorado que no sabemos muy bien donde nos puede conducir, lo cierto es que seguramente los alimentos transgénicos estén ya salvando vidas combatiendo el hambre en el mundo, y evitando el uso aún más perjudicial de pesticidas y otros venenos. Tenemos un ejemplo reciente y prometedor de las técnicas transgénicas que podría representar el fin de la lucha contra una enfermedad terrible. Científicos inyectan un gen en los monos que los protege de desarrollar el sida.

Pero quizás también estemos ya pagando algunas consecuencias negativas del uso de técnicas tan poderosas. Se ha apuntado la posibilidad de que los alimentos transgénicos tengan menos calidad nutritiva, y que puedan provocar alergias. La comunidad científica en general, parece estar a favor del uso de transgénicos. La sensación sobre estos temas tan complicados, es que no solo nos falta información a los consumidores, sino a los propios científicos que estarían tomando pocas precauciones. De la industria no nos podemos fiar, solo les interesa la rentabilidad de sus negocios, y son muchos los científicos que trabajan a cargo de la industria. Tenemos poca información y somos fácilmente manipulables, son técnicas potencialmente peligrosas, muy nuevas, y el miedo es libre. El miedo no conduce a nada bueno, pero tampoco está de más estar alertas y ser prudentes.

 

Contribución de Meneame a la distorsión de la realidad en Internet.

 

cruzamientos

Entrecruzamientos. (recombinación genética)

La gente se levanta un día y se pone a elucubrar y piensa, ¿cuál será la probabilidad de que yo exista? Vamos a ver…

Leo una noticia promocionada en Meneame y que sale a la portada.

http://meneame.net/story/la-probabilidad-de-que-existas

«A lo largo de su vida, un hombre produce billones de espermatozoides, todos genéticamente distintos. Una mujer produce, por su parte, unos quinientos huevos durante su vida.

La probabilidad de que el espermatozoide del que provienes fecundara el huevo que te dio lugar es un número muy pequeño: El equivalente a uno entre varios billones -tu espermatozoide- multiplicado por uno entre quinientos -tu óvulo-.»

Para poder criticar a Meneame tendré que explicar la barbaridad que supone esa estimación de probabilidad, porque en la gametogénesis…Puff, esto me va a costar tela…, me obliga a explicar un montón de cosas, y encima tendré que currarme una imagen para que se entienda un poco. La alternativa cual es, ¿poner un comentario en Meneame en cinco minutitos, yo quedarme a gusto, y que nadie realmente se entere de nada?. Eso no me va, me toca currarme el artículo en plan didáctico y ya soltaré la coletilla sobre Meneame al final del mismo.

Como decía, en la gametogénesis (generación de gametos masculinos y femeninos que no son otra cosa que espermatozoides y óvulos en el caso del hombre), se generan células sexuales (gametos) haploides. Es decir con la mitad de cromosomas, y esto ocurre tanto para la generación de espermatozoides como para la generación de óvulos.

Resulta que los gametos son diferentes entre sí porque son el resultado de entrecruzamiento de los pares de cromosomas que se recombinan entre ellos al azar (1) para originar combinaciones cromosómicas diferentes.. Todo esto ocurre en cada uno de los pares de cromosomas y… pese a que el hombre solo produzca algunos billones de espermatozoides como resultado de estas combinaciones, lo cierto es que el número de espermatozoides posibles sería muchísimo mayor, y sería fruto de una explosión combinatoria que podría exceder muy ampliamente al número de átomos que según los cálculos científicos podría existir en el universo.

En la imagen he querido plasmar un limitado número de casos partiendo de una pareja de cromosomas. ¡Ojo! la primera flecha va en sentido contrario y no es un error. Intentaré explicar ahora lo que esa imagen significa.

Cada una de las partes idénticas de un cromosoma se llama cromátida y están ligadas en un punto que hemos dibujado en gris llamado telómero. Si no hay ningún cruzamiento tendremos la situación idéntica a la original.  En la imagen se van sucediendo cruzamientos entre las cromátidas uno tras otro siguiendo el sentido de las flechas. Lo interesante es que si consideramos ahora el número total de cromátidas diferentes que hemos ido generando tenemos un total de veinte combinaciones distintas 5 * 4.  y solo hemos considerado cuatro cruzamientos en total cuando en la realidad los puntos de cruce ocurren al azar a lo largo del cromosoma.

Intentemos hacernos una idea de las posibles combinaciones.  El total del número de genes en el ser humano está en disputa, pero se admite que sería del orden de veinte mil, pero lo importante es que para cada gen puede haber varias formas alélicas. Por ejemplo el gen del tipo sanguíneo en humanos, tiene (a groso modo) tres formas alélicas diferentes conocidas. 0, A, B. Así que ya tenemos una primera explosión combinatoria en el primer nivel.

Nosotros vamos a llamar abreviadamente NCPn al número de combinaciones posibles dentro de un cromosoma n. Así que, siguiendo con nuestro modelo simplificado, el Número de Combinaciones Posibles Totales de los veintitrés cromosomas son el producto de las veintitrés combinaciones individualaes para cada cromosoma:

NCTotales = NCP1 * NCP2 * NCP3, * NCP4 * ….* NCP22 * NCP23.

¿Se entiende ahora lo absurdo de hablar de billones? ¿No? Es fácil, vamos a suponer que únicamente hay unos catorce genes por cromosoma con capacidad de intercambiarse y formar combinaciones, y que estos solo tendrán dos formas alélicas diferentes. Catorce es una cifra muy baja ya que si el ser humano tiene unos veintemil genes en total, serían unos mil por cromosoma. Estamos simplificando de forma más prudente que realista, pero nos va a servir para estimar la variabilidad genética de un supuesto muy poco arriesgado para ver que pasaría con la cifra final.

Lo que pasaría es que el Número de Combinaciones alélicas Posibles para cada cromosoma (abreviadamente NCPn) sería idéntico para cada cromosoma y sería 2^14=16384. Pero como es un número feo, vamos a ser nuevamente generosos, vamos rebajarlo aún más, y diremos que la estimación de NCPn va a ser solo de diez mil combinaciones diferentes posibles por cromátida. Si estableciéramos esta cantidad, aplicándo la fórmula anterior, tendríamos una  cifra total de individuos posibles diferentes NCTotales = 10^230.000. Es decir  doscientos treinta mil ceros, y eso que no hemos intentado acercarnos demasiado a la realidad para que no se nos tache de exagerados. En cualquier caso lo que intento dejar claro es que no estamos hablando de billones, ni mil millones (9 ceros) ni millones de millones (12 ceros), sino de 230.000 ceros.

¿Sabéis cuantas partidas diferentes de ajedrez pueden hacerse con exactamente cuarenta jugadas? Un cálculo por fuerza bruta nos dice que esta cifra superaría las 10^15 partidas diferentes, que es la cifra estimada de electrones contenidos en el universo. Nosotros con unas aproximaciones conservadoras hemos alcanzado la cifra de 10^230.000. No está nada mal ¿verdad?

Si alguien cree que exagero diré que pese al trabajo que me estoy tomando, tampoco quiero cargarme de razones. Esto no pretende ser un estudio ni serio ni científico. ¿Negociamos? Yo me conformo con una cifra intermedia, ¿Podemos quitar algunos ceros no? A mí me da lo mismo. Tengo ceros para regalar. Yo solo intento ser un pelín más riguroso que esa noticia erronea en su planteamiento y en sus conclusiones que mereció salir a portada de Meneame.

Ahora sí que dedicaré una coletilla a la noticia de portada de Meneamé:

Estas estimaciones no tienen nada que ver con las estimaciones, a mi juicio bastante desacertadas que vemos en la noticia promocionada por Menéame y que ha merecido la portada. El caso es que airBaobab.com ha salido en portada, por ello habrá recibido un número importante de visitas. Sinceramente me alegro por él. Ni él ni los usuarios de Meneame tienen culpa alguna de que eso funcione así.

Muchos usuarios encantados con este funcionamiento dicen, sino te gusta Meneame, no lo uses, y tienen toda la razón. Por ello mis críticas no van contra ellos, pero entre los comentarios de los meneantes no ví ni uno solo que lo cuestionara, pero el artículo aunque erróneo gustó mucho. Estupendo, es una forma de pasar el rato como otra cualquiera.

Tengo que decir que la ciencia, afortunadamente, no funciona atendiendo a los criterios democráticos porque no todo el mundo está igualmente cualificado. Yo no critico a los usuarios de Meneame que se lo pasan estupendamente y además, alguna vez, muy de vez en cuando, aprenden cosas útiles. Lo que critico es el funcionamiento de Meneame, que solo busca que el sitio produzca satisfacciones a sus usuarios. ¡Ojo! eso no es malo en sí mismo, es un negocio de entretenimiento como cualquier otro, pero es que además de eso Meneame es un  poderosísimo lugar de promoción de noticias que por desgracia está sirviendo para promocionar montones de noticias erróneas que suben a portada contribuyendo a la distorsión de la realidad en Internet que ya es de por sí muy elevada. La promoción de noticias enfocada como algo entretenido tiene como consecuencia la falta de rigor, y por desgracia Internet está ya demasiado llena de información basura como para que nos dediquemos a promocionarla, pero esto último naturalmente es solo una opinión. Espero que mi intento de corregir la distorsión de la realidad no resulte excesivamente aburrido porque yo tampoco me divertí escribiendo esto. Lo hice porque me pareció obligado hacerlo.

 

PD:

(1) Esto no sucede por puro azar, porque los genes que están en el mismo cromosoma, cuando son próximos suelen transmitirse juntos con más probabilidad que otros. Esto es así porque la probabilidad de que entre ambos ocurra al menos un entrecruzamiento es menor que si están localizados en puntos alejados del cromosoma. (A estos genes se les llama genes ligados).

 

 

 

 

 

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